jueves, 7 de enero de 2021

Nueva variedad de SARS-CoV-2

Ingeniero en Biotecnología Cuauhtémoc Valalente Ángeles Martinez


 ¿Cuál es el verdadero impacto de la nueva variedad de SARS-CoV-2?

🧬😷
Cabe hacerte menación que el estudio de SARS-CoV2, esta en proceso lo así como sus derivados a largo plazo.
Hace unos días se notificó de la existencia de una nueva variante del virus causante de la COVID-19, el SARS- CoV-2. Esta situación ha traído como consecuencia una creciente preocupación en la comunidad científica y por supuesto al público en general. Sin embargo, estudios previos han demostrado claramente que la propagación de virus ARN de tipo epidémicos/pandémicos permite seleccionar mutaciones que alteran la patogénesis, virulencia, transmisibilidad del virus o una combinación de estas, sin embargo, este proceso sigue siendo poco estudiado entre los coronavirus emergentes en animales y humanos. Motivo por el cual se rastrea de forma exhaustiva la aparición de nuevas mutaciones y no solo durante la actual pandemia, sino en cada caso que envuelve virus u otros patógenos emergentes con altas tasas de mutación como lo son virus causantes de Influenza, en particular el tipo A.
Centrándonos en el contexto actual y recabando algunos hechos podemos enlistar las 3 razones por las que causa preocupación la aparición de esta nueva variante en el Reino Unido.
1. La nueva variedad está remplazando rápidamente a otras existentes que están circulando en Reino Unido.
2. Presenta mutaciones en la proteína espiga (Spike protein) uno de los antígenos clave para el sistema inmune y también blanco de la mayoría de las vacunas.
3. Algunas de estas mutaciones han mostrado en pruebas in vitro que aumentan la transmisibilidad del virus.
Pero ¿Qué nos dice la ciencia?
En el caso del nuevo coronavirus, no es la primera mutación que se ha identificado. De hecho, estudios epidemiológicos conducidos durante el mes de febrero de 2020 resultaron en el hallazgo de una nueva variación de virus denominada DG14G y que presentaba modificaciones en la proteína spike. La cual rápidamente se convirtió en la cepa mayoritaria en Europa y se presentó como principal durante el segundo brote temprano en algunos países.
Estos mismos estudios identificaron que los pacientes infectados con la variedad D614G presentaban cargas virales mucho más elevadas, pero sin mayor mortalidad añadida. Es decir, que dicha mutación solo afectó la transmisibilidad, pero no su patogenicidad.
Es normal pensar que mayor infectividad implica mayor mortalidad, sin embargo, debemos recordar que en la mayoría de los casos el aumento de infectividad indica también una mejor adaptación del virus con su hospedero, lo que permite al virus asegurar su supervivencia, ya que como buen parásito intracelular obligado prefiere poner de manifiesto su necesidad de replicarse, situación que de matar al hospedero sería imposible.
¿Qué sabemos de la nueva mutación?
La nueva mutación G614 que incluye mutaciones múltiples en la proteína spike (Deleción 69-70, Deleción 144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H) o bien referida como SARS-CoV-2 VUI 202012/01, muestra hasta un 70% más de transmisibilidad con respecto a la variante DG14G y esto se debe a la RBD (Dominio de unión al receptor) en la proteína spike que presenta una conformación más abierta, con mejor acoplamiento a la enzima convertidora de angiotensina-II (ACE-II). De hecho, los ensayos de infección a línea celular pulmonar humana, ensayos de infección en vías áreas humanas (simulación), ensayo de acoplamiento en hámsteres y los ensayos de neutralización indicaron que la nueva variedad tiene mayor capacidad de replicarse debido a su unión y estabilidad mejoradas.
y entonces ¿Qué significa que sea más infeccioso?
Para responder, primero entendamos que implica que el virus se disemine de forma mucho más rápida. En epidemiología se define como número básico reproductivo o R0 el cual resulta del promedio de casos nuevos que genera un caso dado a lo largo de un período infeccioso.
Ejemplo:
Una enfermedad que tenga un R0= 4 significa que un infectado contagiara a 4 personas en promedio y cada una de esas 4 personas contagiara a 4 más y así sigue la cadena. En el caso de SARS-CoV-2 este número no se sabe con exactitud, pero las estimaciones recientes indican un R0 probable de 3-6-6.1, bueno pues es probable que exista un incremento en este número con la nueva variedad G614.
¿Servirá la vacunación?
SI!!!
Adicional a que los ensayos de infectividad revelaron que la variante G614 no causó una enfermedad más grave que la cepa ancestral en hámsteres (un hallazgo que respalda los datos clínicos actuales en humanos), también se demostró mediante estudios de neutralización que la variedad G614 es completamente neutralizada por los anticuerpos presentes en el suero de los hámsteres infectados con variedades ancestrales de D614, descartando así el temor asociado a una vacunación ineficiente.
Debemos recordar que las vacunas en prueba están basadas en la proteína espiga como diana molecular COMPLETA y no por partes, por ello los anticuerpos neutralizantes generados por la vacunación van dirigidos contra diversos epítopos de la proteína spike y no solo contra la región RBD.
Nota por Diego Ramírez

Fuentes:
Ralph S. (2020). Emergence of a Highly Fit SARS-CoV-2 Variant. The New England Journal of Medicine. 10.1056/NEJMcibr2032888

ECDC. (2020). Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom. European Centers for Disease Control and Prevention. https://www.ecdc.europa.eu/.../SARS-CoV-2-variant...





Un poco de biotecnología aplicada al área clínica

 Ingeniero en biotecnología Cuauhtémoc Valenete Ángeles Martínez

 

Un poco de biotecnología aplicada al área clínica

 

RefSeq NP_002560

Me parece información de interés en el estudio diagnóstico de Sars cov 2, la proteína furina usada en la biotecnología diagnostica, permite haber evaluaciones de fragmentos virales de interés como el causante de covid 19, a lo cual considero compartir esta información

LOCUS NP_002560 794 aa PRI lineal 13-DIC-2020

DEFINICIÓN pre proproteína de isoforma 1 de furina [Homo sapiens].

ID de locus 5045

Tamaño Refseq 4521

Citogenética 15q26.1

Refseq ORF 2382

Comparto las secuencias NCBI. La secuencia de referencia se derivó de AC124248.6 , BP283962.1 , X17094.1 , BC012181.1 y BM043834.1 .

Resumen: este gen codifica un miembro de la sutilísima familia de pro proteína convertasa, que incluye proteasas que procesan tráfico de precursores de proteínas y péptidos a través de ramas constitutivas de la vía secretora. Codifica un tipo 1 proteasa unida a la membrana que se expresa en muchos tejidos, incluyendo neuroendocrino, hígado, intestino y cerebro.

La codificada proteína sufre un evento de procesamiento auto catalítico inicial en el ER y luego clasifica a la red trans-Golgi a través de endosomas donde tiene lugar un segundo evento auto catalítico y el catalizador se adquiere actividad.

Como otros miembros de esta familia convertasa, el producto de este gen escinde específicamente sustratos en un solo o residuos básicos emparejados. Algunos de sus sustratos incluyen hormona pro paratiroidea, factor de crecimiento transformante beta 1 precursor, pro albúmina, pro-beta-secretasa, matriz de membrana tipo 1 métalo proteinasa, subunidad beta del factor de crecimiento pro-nervioso y von Factor de Willebrand. Se cree que es una de las proteasas. responsable de la activación de las glicoproteínas de la envoltura del VIH gp160 y gp140, pueden desempeñar un papel en la progresión del tumor.

- Diferente a SARS-CoV y otros coronavirus, la proteína de pico de

SARS-CoV-2.

- Se cree que esta proteasa escinde de forma única.

- Alternativa el empalme da como resultado múltiples variantes de

transcripción.

## RefSeq-Attributes-START ##

relacionado con coronavirus :: involucrado en la infección por SARS-CoV-2 Coincidencia de conjunto MANE :: ENST00000268171.8 / ENSP00000268171.2 Criterios de selección de RefSeq: basados en conservación, expresión, proteína más larga.

 

Fuentes:

NCBI.(2019). preproproteína de isoforma 1 de furina. Homo sapiens. Recuperado de URL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_002560.1

OriGene Technologies.(2020) FURIN (NM_002569) Human Recombinant Protein. Recuperado de 2020 OriGene Technologies, Inc., 9620 Medical Center Drive, Ste 200, Rockville, MD 20850, US

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