lunes, 13 de diciembre de 2021

Gen de identificación ante Covid-19 (Ómicron)

 

     Un poco de las experiencias que se viven día a día en los laboratorios de todo el mundo, el tiempo y los avances me han generado algunas dudad que se tendrán su relevancia en su momento. 

     Algo de historia reciente, que seguirá la evolución de nuestra especie hasta que dejemos la existencia, entendiendo de dónde venimos para saber a dónde vamos, nunca se tuvo la oportunidad de enfrentar a la naturaleza como en esta ocasión.

El uso previsto de los métodos de identificación facilitar el diagnóstico de infección producida por SARS-CoV-2 en combinación con factores de riesgos clínicos y epidemiológicos. El RNA es extraído a partir de los especímenes respiratorios, posteriormente el DNA complementario es sintetizado en un solo paso y amplificado mediante PCR a tiempo real. La detección se lleva a cabo utilizando oligonucleótidos específicos y una sonda marcada con una molécula fluorescente y otra apantalladora para detectar SARS-CoV-2.

La detección se realiza a través de la retro transcripción y posterior amplificación a tiempo real de la secuencia diana, produciéndose ambas reacciones en el mismo pocillo. Tras el aislamiento del RNA, se sintetiza el DNA complementario a la secuencia diana gracias a la retro transcriptasa o transcriptasa inversa. Posteriormente la identificación de SARS-CoV-2 se lleva a cabo mediante la reacción en cadena de la polimerasa utilizando oligonucleótidos específicos y una sonda marcada con fluorescencia que hibridan con una región diana conservada de los genes ORF1ab y N.

En diciembre de 2019, algunas personas que trabajaban o vivían alrededor del mercado de mariscos de Huanan en Wuhan, provincia de Hubei, China, presentaron neumonía de causa desconocida. El análisis de secuenciación masiva de las muestras respiratorias mostró un nuevo coronavirus, que fue llamado inicialmente como 2019 nuevo coronavirus (2019-nCoV) y posteriormente como SARS-CoV-2.

El diagnóstico del SARS-CoV-2 se realizada detectando las causas convencionales de la neumonía temprana y por secuenciación masiva o métodos de RT-PCR a tiempo real. Actualmente se encuentran disponibles varios ensayos que detectan el SARS-CoV-2, com.


-       China CDC  -ORF1ab and N Charité

-       Alemania - RdRP, E

-       Estados Unidos CDC - Three targets in N gene


El uso previsto del test es ayudar en la monitorización de la prevalencia de mutaciones genéticas en el gen S (P681R, L452R y E484Q) y en el apoyo de medidas de control.

El RNA es extraído a partir de muestras respiratorias, posteriormente el DNA complementario es sintetizado en un solo paso y amplificado mediante PCR a tiempo real.

La detección se lleva a cabo utilizando oligonucleótidos específicos y una sonda marcada con una molécula fluorescente y otra apantalladora (quencher) para detectar mutaciones genéticas en el gen S (P681R, L452R y E484Q).

Yo me pregunto cómo en un periodo tan corto de tiempo se llegó a la selección de estas mutaciones, dejando de lado la observación de la clínica de los pacientes